Psychotrauma en stress hebben invloed op hersenprocessen. Bepaalde, soms in eerste instantie onbegrijpelijk gedragingen, kunnen geïnitieerd worden door een activatie van het traumageheugen. Bessel van der Kolk, een bekende wetenschapper op trauma gebied, beschrijft hoe sommige vrouwelijke cliënten gedurende contacten met hem of met andere mannelijke hulpverleners plots veranderden. Zij werden ineens agressief en geagiteerd, terwijl zij daarvoor nog vriendelijk en rustig waren. Hij vroeg zich af waarom deze vrouwen opeens anders werden wanneer "een man aandacht aan hen gaf". Hij kwam erachter dat deze vrouwen allen misbruikt waren en dat wanneer zij alleen met "een vragenstellende man" in een kamer verbleven, zij teruggevoerd werden in hun trauma's. Hun lichamen reageerden alsof zij opnieuw gemolesteerd werden, hartslag en spierspanning namen toe en deze vrouwen reageerden plots emotioneler. Het leek alsof de meegemaakte trauma's de fysiologische arousal/opwindingsmechanismen verstoord hadden. Deze vrouwen waren niet goed meer in staat echt gevaar van geen gevaar te onderscheiden. Hun lichaam reageerde op veel stimuli alsof zij weer bedreigd werden, terwijl dat (meestal) niet het geval was.

Ernstig psychotrauma kan de balans in de hoeveelheid stresshormonen verstoren, en daarmee het gehele zenuwstelsel beïnvloeden. Door complex fysiologische processen kunnen traumatische herinneringen als het ware geblokkeerd raken en niet verwerkt worden. Deze traumaherinneringen blijven daardoor gelegen in oerdelen van de hersenen; de non-verbale, niet bewuste, subcorticale regio's (amygdala, thalamus, hippocampus, en hersenstam), waar zij niet bereikbaar zijn voor de corrigerende functie van de frontale hersenen. In deze frontale hersenen bevinden zich de functies; nadenken, redeneren en communiceren. Het is echter ons lichaam dat na onverwerkt trauma ons controleert en beheerst bij een triggering van trauma-herinneringen, en niet onze bewuste keuze. Het lichaam besluit voor ons waarop we wel en waarop we niet reageren.
Dit blijkt ook uit onderzoek. Van der Kolk keek met behulp van scans naar de activiteit in de hersenen van getraumatiseerden en vond dat wanneer deze mensen aan hun trauma dachten de linker frontale cortex geen activiteit meer vertoonde, met name het gebied van Broca (spraakcenter), terwijl gebieden in de rechter hemisfeer die gekoppeld waren aan emoties en opwinding (arousal) juist heel veel activiteit vertoonden.
De gevolgen hiervan zijn dat wanneer mensen aan onverwerkte trauma's denken, of wanneer zij getriggerd worden, bijvoorbeeld door een "vragenstellende mannelijke hulpverlener", hun mogelijkheid om over het trauma te praten afneemt en hun emotionaliteit en fysieke arousal toeneemt. Ook Freud kwam mogelijk al tot een zelfde conclusie nadat hij in aanraking was gekomen met slachtoffers van de eerste wereldoorlog; "During his study of war neuroses, Freud adds another peculiarity: A (psycho)trauma is an element of the Real that cannot be put into words, thus causing the impossibility of a normal discharge (Verhaeghe, P., 1998.)"
Therapieën om trauma's te behandelen dienen bottom-up therapieën te zijn, dus vanuit de oerdelen van de hersenen, te beginnen met een prikkeling van de daar gelegen affectief geladen herinneringen en geen top down processen zoals alleen praattherapie. EMDR is een voorbeeld van een behandeling waarbij de oerhersenen worden gestimulleerd, dus waarbij een bottom-up proces wordt gegenereerd.

Kolk, B, McFarlene A. and Weisaeth, L. (1996). Traumatic stress. The Guilford Press; London.
Verhaeghe, P. (1998) Trauma and hysteria within Freud and Lacan, in The Letter. Lacanian Perspectives on Psychoanalysis, pp. 87 - 106